Если Атта являлся лидером террористической группы, зачем он утром 11 сентября прибыл в Бостон из Портленда на самолёте, прибывавшем всего за пару минут до начала посадки в самолёт, который угонщики должны были захватить? Если бы самолёт из Портленда задержался хотя бы на пару минут, он бы просто не успел. Почему он так рисковал?
Не было особо распространено сообщение про то, что 11 сентября в час дня Красная Армия Японии, на счету которой угонщики уже похитили несколько самолётов, позвонила в студию аль-Джазиры и взяла на себя обязательства за совершённые теракты. Террористы говорили, что всё случившееся – это месть за атомные бомбардировки Нагасаки и Хиросимы. Единственная информация о террористах была получена от пассажиров обречённого самолёта, которые воспользовались сотовым телефоном. Пассажиры сказали, что угонщики имеют на головах красные повязки. Никто из них не говорил про национальность, внешность либо язык, на котором говорили угонщики. Участники Красной Армии Японии на самом деле носят красные повязки. Может быть, эта информация являлась ложной. Возможно, Красная Армия Японии просто использовала в своих интересах теракт, к которому никак не относилась, в целях пропаганды.
В июне 2002 г. появилась информация, что нашли вещи террористов, письма и документы, которые доказывали, что они исполняли миссия в честь Аллаха. Роберт Мюллер, директор ФБР, сказал, что угонщики-мусульмане не оставили каких-либо документов: «Во время следствия мы не нашли ни одной бумажки – ни в Америке, ни в Афганистане, ни где-то ещё – в которой бы говорилось о чем-либо, что связано с заговором 11 сентября». 6 человек оставили предсмертные записки, 13 – нет – это не свидетельствует о наличии заговора у 19 человек, и в том числе не связывает их со сговором 11 сентября. Вероятность того, что теракты 11 сентября были совершены другими людьми, очень большая. Они вполне могли использовать похищенные документы 19 мусульман, исчезнувших тайным образом.
Лондонская газета “Daily Mail” утверждала, что был план угона 2-х самолётов с целью атаки здания парламента Британии и Лондонского моста. Но угонщики, которые ожидали посадки на самолёт Лондон – Манчестер, услышали про происшествия в Соединённых Штатах, запаниковали и отступили от своих планов. Но из этих людей, Мохаммеда Афруза, удалось задержать в Бомбее после известий о том, что «Аль-Каида» оплачивала его занятия в английской авиационной школе. По данным другого источника, целью террористов 11 сентября являлся мост Золотые Ворота в Сан-Франциско.