Когда войска СССР были выведены из Афганистана, Усама бен Ладен возвратился в Саудовскую Аравию, однако поругался с королевской семьёй из-за набега Саддама Хусейна в Кувейт. Усама бен Ладен всегда хотел освободить Медину, Мекку и Иерусалим от немусульман. Он желал, чтобы Саудовская Аравия оказала поддержку Саддаму и выгнала американцев. Усама бен Ладен был очень расстроен тем, что король выступил против Саддама во время войны в Заливе и пригласил в страну войска Америки. В 1991 г. Усама бен Ладен вылетел в Судан. Он поклялся вести борьбу с купленными арабскими правительствами, подобными дому Сауда, и определить новый, чистый теократический режим на Аравийском полуострове.
Усама бен Ладен в Судане организовал деловую империю, вкладывая средства в банки, строительство большой трассы и проекты сельского хозяйства. В это же время он создал тренировочные лагеря для продолжателей «Аль-Каиды», которые желают получить военную подготовку. Он владел торговой компанией Wadi al-Aqiq, Ladin Intarnational Company, Al-Hijra Construction, сельскохозяйственной компанией Al-Themar, экспортной компанией Taba Investment Ltd., The Blessed Fruits, транспортной компанией Al-Qudurat, кожевенной компанией Khartoum Tannery, пекарней, мебельной фабрикой и банком Al-Shamal в Хартуме. Он поместил свои 50 миллионов долларов в банк. Шэрон Перси Рокфеллер, жена Джона Д. Рокфеллера IV, являлась деловым партнёром Усамы бен Ладена.
Из Судана Усама бен Ладен руководил войной против Америки. Под его управлением были атакованы войска Америки в Саудовской Аравии, посольства в Танзании и Кении и военные корабли в Йемене. Погибли сотни людей. В 1996 г. Усама бен Ладен был выслан из Судана, и он возвратился в Афганистан, после чего заминированная машина взорвалась в Эр-Рияде. Его обвинили в этом теракте.
В этот период финансовая деятельность Усамы бен Ладена покрыта тайной. Его часть в наследстве отца, согласно некоторым источникам, составляла 300 миллионов долларов. Остальные же считают, что ему осталось только 35 миллионов. В 1994 г., по утверждениям одного из прежних членов «Аль-Каиды», Усама бен Ладен сказал, что утратил все свои деньги. В его жизни случился своего рода денежный кризис. После изгнания из Судана в 1996 г. Усама бен Ладен потерял более 150 миллионов долларов, потому как не мог вывести все свои активы. Всё же, приехав в этом же годы по приглашению Юнуса Халиса в Афганистан, он пожертвовал миллионы долларов движению Талибан на воплощение строительных проектов в ройное Кандагара – на постройку дамбы, большой мечети и реализацию проектов сельского хозяйства.
В Афганистане Усаме бен Ладену оказывал поддержку Юнус Халис, который потом занял позицию в движении Талибан в Джелалабаде. Армия Авала Гуля охраняли дорогу, которая ведёт к боевой базе «Аль-Каиды» в Белых горах – Тора Бора. В конце 1996 г. фанатические мусульмане пришли к власти в Афганистане. Муллу Омара финансировал Усаму бен Ладена. Не стоит удивляться, что в итоге в качестве благодарности за финансовую помощь и помощь в изгнании войск СССР Мулла Омар предоставил убежище для Усамы бен Ладена и передал под его контроль большую долю провинции Нангархар. Эта восточная провинция располагается между северо-западной пакистанской границей и Кабулом. Тут растят опиумный мак. На часть Афганистана приходится ¾ всемирного объёма опиума – главного компонента, который необходим для изготавления героина. Теперь Усама бен Ладен мог получать большие доходы от торговли наркотиками, потому как у него в руках оказалась «опиумная провинция».
В Нангархаре Усама бен Ладен организовал тренировочные лагеря, где готовились 2000 террористов. В 1998 г. президент Клинтон отдал приказ напасть на этот район крылатыми ракетами. А Афганистане в одном из тренировочных лагерей в декабре 1999 г. Усама бен Ладен сам встретился с Мохаммедом Аттой. Усама бен Ладен располагает 11000 обороноспсобных террористов в 50 странах мира. В 2000 – 2001 гг. он тратил 800000 долларов ежемесячно на покупку боеприпасов и стрелкового оружия со складов на территории бывшего СССР. Говорят, что от героиновых сделок на территории Афганистана он получил миллиард долларов. По иным оценкам, эти средства, если они и были получены, поступали из иного источника. Состаяние Усамы бен Ладена расценивается в несколько миллионов долларов.
По документам, которые были заполнены в ходе судебного дела, которое проходило в 2002 г. в США, старшие члены саудовской королевской семьи, которые глубоко обеспокоены атаками исламских фундаменталистов военных Америки в Эр-Рияде в ноябре 1995 г. и на казармы Хобар-Тауэрс в июне 1996 г., выплатили более 200 миллионов долларов террористическим группам Усамы бен Ладена и движения Талибан в обмен на обещание не атаковать Саудовскую Аравию. Величина «платы за защиту» была оговорена во время встреч в Париже в 1996 г. и в Кандагаре в июле 1998 г. Усама бен Ладен присутствовал на двух встречах. Полученные деньги явно покрыли его затраты после 1998 г.
«Аль-Каида» поступила, как кукушонок чужом гнезде. Боевики быстро ощутили себя хозяевами и потребовали, чтобы мулла Омар переименовал страну в «Исламский эмират Афганистан». В феврале 2001 г. говорилось, что Усама бен Ладен планировал убить 625 участников Европейского парламента и сотни официальных лиц, распылив в здании Европейского парламента в Страсбурге отравляющий газ зарин. Этот теракт должны были провести сторонники «Аль-Каиды» в Алжире, которые финансировались из фонда Усамы бен Ладена. Германская полиция раскрыла заговор и совершила массовые аресты.